Jan Chrapek urodził się 18 lipca 1948 r. w Józefinie. Szkołę średnią ukończył w Krakowie, W roku 1969 rozpoczął studia seminaryjne jako alumn, członek Zgromadzenia św. Michała Archanioła. Ukończył też zaoczne studia w Państwowym Instytucie Pedagogiki Specjalnej.
W 1969 roku złożył śluby zakonne w zgromadzeniu michałitów. W roku 1975 w Miejscu Piastowym z rąk ks. Biskupa Ignacego Tokarczuka przyjął święcenia kapłańskie lego samego roku rozpoczął – uwieńczone doktoratem- studia specjalistyczne na KUL. Wtedy też związał się z ruchem oazowym. Od roku 1979 był wychowawcą w Wyższym Seminarium Duchownym Księży Michałitów w Krakowie.
Od 1981 do 1983 był rektorem Papieskiego Sanktuarium ss. M ad Rupes kolo Rzymu. W latach 1984-1986 był redaktorem naczelnym miesięcznika Pawściągłiowść i Praca, wykładowcą na ATK i duszpasterzem inteligencji w parafii Maki Bożej Królowej Aniołów w Warszawie. Od 1986 do 1992 r. był przełożonym generalnym Zgromadzenia św. Michała Archanioła. Napisał szereg książek i artykułów poruszających problematykę etyki środków społecznego przekazu oraz obecności Kościoła w mediach.
Sakrę biskupią przyjął 5 czerwca 1992 r. w Drohiczynie z rąk abp. Józefa Kowalczyka. Jego dewizą biskupią stały się słowa: Quis ut Deus (Któż jak Bóg). W diecezji drohiczyńskiej był biskupem pomocniczym, a w 1994 r. Objął podobne stanowisko w diecezji toruńskiej.
Jako biskup koordynował dwie ostatnie pielgrzymki Ojca Świętego do Ojczyzny, w roku 1997 i 1999. Odpowiadał z ramienia Rady Konferencji Biskupich Europejskich za media w Europie Środkowo-Wschodniej. Był wykładowcą najpierw w ATK, a potem na UKSW i na Wydziale Dziennikarstwa Uniwersytetu Warszawskiego, był członkiem Rady Programowej Katolickiej Agencji Informacyjnej i jednym z jej twórców.
Dnia 28 czerwca 1999 r. Ks. Bp Jan Chrapek został mianowany Biskupem Radomskim. Urząd ten objął kanonicznie 21 sierpnia Niedługo potem został powołany do Papieskiej Rady Środków Społecznego Przekazu.
Niezwykle dynamiczna posługa Ks. Bpa została nagle przerwana, w 53 roku życia, tragiczną śmiercią w dniu 18 października 2001 r. w Sieklukach, między Białobrzegami a Radomiem W telegramie z Watykanu (20 października) Ojciec Święty Jan Paweł II, pisał: „Biskup Jan posiadł mądrość człowieka i pasterza i stał się „godnym tronu Ojca”. Dlatego wraz z Kościołem w Radomiu i w całej Polsce dziękuję dziś Bogu za wszelkie dobro, jakie dzięki tej mądrości dokonało się przez jego ręce i proszę Chrystusa, Najwyższego Pasterza, aby wprowadził go do swojej chwały”.